Het Zuiderzeemuseum richt zich op de cultuur van het voormalige Zuiderzeegebied en het huidige en toekomstige IJsselmeergebied. In het buitenmuseum staan authentieke panden uit dorpen rondom de voormalige Zuiderzee. Hier komt jong en oud in aanraking met de Zuiderzeecultuur. Zo kunnen bezoekers een touw slaan, op bezoek bij Urker inwoners of mee-eten in het huishouden van 1920. In het binnenmuseum maken bezoekers kennis met kunst, cultuur en erfgoed van voor en na de afsluiting van de Zuiderzee. Ook is er een schepenhal vol historische boten. Kenmerkend voor het Zuiderzeemuseum is dat het de cultuurhistorische collectie verrassend verbindt met hedendaagse kunst, vormgeving en design. In 2013 en 2014 riepen bezoekers van beoordelingssite Zoover het Zuiderzeemuseum uit tot het beste museum van Nederland. Leden van de ANWB riepen het museum uit tot het Leukste uitje van Noord-Holland.