Athenaeum Boekhandel is een van de weinige grote boekhandels in Nederland die nog volstrekt onafhankelijk is, dat wil zeggen geen deel uitmaakt van een keten of concern en evenmin behoort tot een inkoopcombinatie. Het bedrijf is voortgekomen uit Polak & Van Gennep Uitgeversmaatschappij, de door de bekende uitgevers Johan Polak en Rob van Gennep begin jaren zestig gestichte uitgeverij. Rob van Gennep vond het winkelpand, een vroegere schilderijenhandel aan het Amsterdamse Spui, Johan Polak financierde de beginjaren van de in 1966 gestichte boekhandel (maak een virtuele wandeling door het huidige, flink uitgebreide pand). De uitgeverij werd later van de winkel afgesplitst en vond uiteindelijk aansluiting bij Uitgeverij Querido. De boekhandel is sinds 1976 een verzelfstandigde BV, waarvan een deel van de aandelen in handen is van een personeelsstichting. Athenaeum Boekhandel bv opende door de jaren heen diverse nieuwe vestigingen. Zo vond in 1969 de opening van het naastgelegen Athenaeum Nieuwscentrum plaats, waar niet alleen dagbladen en tijdschriften, maar ook reisgidsen worden verkocht en boeken op het gebied van design, mode en lifestyle (virtuele wandeling, weblog). In 1988 volgde de opening van een boekhandel in Haarlem (virtuele wandeling). Sinds 1998 beschikt Athenaeum bovendien over verschillende campusboekhandels op locaties van de Hogeschool van Amsterdam. Athenaeum Boekhandel exploiteert bovendien een tweetal museumboekhandels, in het Amsterdam Museum (sinds 2008) en in het Rijksmuseum (sinds 2013). Verder werd (eveneens in 2013) een winkel gevestigd in het gebouw van NRC Handelsblad aan het Rokin. Tot slot beschikt Athenaeum over een webboekhandel (Athenaeum.nl), waar meer dan 10 miljoen titels worden aangeboden en waar een dagelijks wisselend aanbod aan recensies en voorpublicaties op te vinden is. Maar de kern van het bedrijf is en blijft de literaire en academische boekhandel aan het Spui. Athenaeum voert van oudsher een eigenzinnig, steeds op kwaliteit en actualiteit gericht voorraadbeleid, ondersteund door een goede informatievoorziening en dienstverlening. Naast de vanaf het begin belangrijke gerichtheid op binnen- en buitenlandse literatuur kent de boekhandel wetenschappelijke specialisaties in klassieke talen, taal- en literatuurwetenschap, filosofie, geschiedenis, rechten en de sociale wetenschappen.